Ederson speelde in zijn jeugd bij RS Futebol, maar stapte in 2004 over naar Internacional. Hij speelde er niet veel, maar bij Juventude lukte dat ook niet. Ricardo Gomes was zijn coach bij Juventude en vertrok later naar Girondins de Bordeaux. Ederson verkaste ook naar Frankrijk, maar tekende hij OGC Nice. Zijn debuut maakte hij op 5 februari 2005, toen hij tijdens het duel met FC Metz in de tweeënzeventigste minuut in mocht vallen. De wedstrijd eindigde in 1–1. Tijdens zijn derde wedstrijd wist hij zijn eerste doelpunt te maken, toen hij tegen AS Monaco de winnende 2–1 scoorde van circa 45 meter afstand. Zijn tweede seizoen leverde de Braziliaanse middenvelder rugnummer 10 op, maar hij was desondanks vaak wisselspeler. Het seizoen 2006/07 leverde hem veel buitenlandse interesse op, zoals van Real Madrid, Manchester United en Lazio.[1] In zijn laatste seizoen scoorde Ederson zeven doelpunten voor Nice. In januari 2008 maakte hij voor circa veertien miljoen euro de overstap naar Olympique Lyon. Hij mocht op huurbasis nog het seizoen afmaken bij Nice, waarvoor hij nog twee keer wist te scoren. In juni 2008 vertrok hij dan eindelijk, samen met Nice-teamgenoot Hugo Lloris, naar Lyon. Hij kreeg het rugnummer 7 en moest de opvolger worden van zijn landgenoot Juninho. In de jaren bij Lyon speelde Ederson vaak vanaf de flanken, om naar binnen te kunnen trekken en zo voor gevaar te kunnen zorgen.
Op 2 juli 2012 liet Ederson de Franse havenstad achter zich en tekende hij een vijfjarige verbintenis bij Lazio. Door blessureleed speelde hij in zijn eerste seizoen in de Serie A vijftien competitiewedstrijden en maakte hij één doelpunt. Daarnaast kwam hij tot acht wedstrijden en twee doelpunten voor de club in de UEFA Europa League. Ederson speelde ook het volgende seizoen vijftien competitiewedstrijden en in het seizoen 2014/15 vier. In juli 2015 ontbond Lazio zijn contract.[2] Ederson tekende in juli 2015 een contract tot en met december 2017 bij Flamengo.[3] Dit contract werd later met een halfjaar verlengd. In de zomer van 2017 kwam uit een dopingcontrole naar voren dat Ederson teelbalkanker had.[4] Na afloop van deze verbintenis liet de speler Flamengo achter zich en hij zette daarop een punt achter zijn loopbaan.
Brazilië
Olympique Lyon
Verenigde Staten – Brazilië 
Lazio