Op 20 oktober speelde Lyon een wedstrijd in de Champions League op Anfield. Gonalons moest na 42 minuten de geblesseerde Cris vervangen. Hij zette Lyon in de 72e minuut op 1-1 waarna César Delgado in blessuretijd de winning goal voor Lyon scoorde. Dat doelpunt werd zijn eerste doelpunt voor Lyon. Op 16 januari 2010 scoorde hij z'n eerste competitiedoelpunt voor Lyon tegen AS Nancy. Tien dagen later beloonde Lyon de middenvelder met een contractverlenging tot 2014.