Overleg:Aminozuur

Ik heb geprobeert in de tweede tabel een kolom met moleculaire gewichten aan te maken, maar hij geeft niet alle waarden weer in het artikel?

Ik kom op internet tegen dat er meer dan 500 verschillende aminozuren zijn? Wat is het nu minder dan 100 of meer dan 500?Rasbak 15 feb 2006 18:56 (CET)

@ Rasbak: het zijn er maar 20

Wat een onzin! Er zijn zeker een hele hoop aminozuren, maar er komen slechts 20 voor in ons lichaam! MethoxyRoxy 2 jun 2006 15:05 (CEST)

Over de 20 aminozuren: nu maart 2011 staat er dat alle eiwitten gebouwd zijn met deze 20; Er is daarbij NIET vermeldt dat het over de eiwitten van de mens zou gaan. Mijn gok : de eiwitten die bij de mens voorkomen zijn uit de 20 opgebouwd. Moleculen die zijn opgebouwd uit aminozuren zijn eiwitten,maar als daar een ander aminozuur zou inzitten dan de 20, dan is het zeker geen eiwit dat bij de mens voorkomt. – De voorgaande bijdrage werd geplaatst door Georgesgoossens (overleg · bijdragen)

Er zijn er meer dan 20, maar organismen gebruiken er slechts 20 bij het opbouwen van hun eiwitten. De "als" komt dus niet voor: het zijn altijd deze 20. --MichielDMN 🐘 (overleg) 7 mrt 2011 21:58 (CET)

Het zit allemaal nog wat ingewikkelder in elkaar. In eiwitten komt soms ook en:selenocysteine voor en -bij een beperkt aantal groepen organismen - en:pyrrolysine. Deze twee aminozuren worden echter niet direct gecodeerd door de genetische code, ze worden via een speciale biosynthetische routes gemaakt.

Je zou dus kunnen zeggen dat de genetische code bepaald dat die 20 bekende aminozuren er zijn. Maar het is nog iets ingewikkelder: de genetische code heeft ruimte voor uitbreiding, er kunnen in theorie tenminste 64 aminozuren door worden gecodeerd. Biochemici maken daar gebruik van, zie en:Expanded genetic code. Of zo'n "uitgebreide genetische code" ook in de natuur voorkomt, daar heb ik nog nooit van gehoord, maar het zou me niet verbazen als zulke uitzonderingen opduiken. Josq (overleg) 7 mrt 2011 22:10 (CET)

Bedankt voor je aanvulling Josq. Ik wou het maar 'n beetje simpel voorstellen aangezien die vraag nogal basis bleek :-). Maar het is inderdaad complexer dan wat ik zei. Bedankt! Je links hebben me ook iets bijgeleerd. --MichielDMN 🐘 (overleg) 7 mrt 2011 22:33 (CET)

Zwitterion

Een aminozuur komt voor als "zwitterion" bij het iso-elektrischpunt ( dus bij een een bepaalde pH waarde). De bewering die er staat zou beteken dat alle aminozuren hetzelfde isoëlectrisch punt hebben.

Ik heb de beschrijving van een amino als zwitterion verwijderd en beschreven als aminozuur en een structuurformule toegevoegd. vlottum 3 nov 2006 23:01 (CET)

Vlottum, Ik zie een dergelijke bewering niet in het artikel staan. Zwitterion wil zeggen dat een molecule zowel een positieve als een negatieve lading draagt, maar dat wil nog niet zeggen dat de molecule elektrisch neutraal is (dat laatste is dan het iso-elektrisch punt). Eventueel kunnen we zwitterion laten vallen en er dubbelgeladen moleculen van maken of zoiets... Annabel_(overleg) 3 nov 2006 23:12 (CET)

Onjuistheden

Er staan nog meer onjuistheden in, en sommige termen zijn niet die in de scheikunde gebruikt worden. In de tweede tabel moet ook het isoëlectricsch punt worden toegevoegd, de pKz waarden zijn minder belangrijk dan het isoëlectricsch punt.

Ik wil dit artikel verder nakijken en verbeteren. Ik zou ter verduidelijking ook wat meer plaatjes willen toevoegen (zoals bij Engelse wikipedia), maar hoe krijg ik die plaatjes in de Nederlandse wikipedia? Verwijzen of eerst naar onze wikipedia kopiëren?

vlottum 3 nov 2006 23:08 (CET)

Kun je aanduiden over welke onjuistheden dit gaat? Als je een overzicht hebt voor de waarden van het pI, kan ik je alleen maar aanmoedigen om ze in de tabel toe te voegen naast de pKa waarden (pI en pKa's zijn beide even informatief).

Voor de plaatjes zou je eerst moeten nagaan of ze op commons aanwezig zijn. Zo ja, dan hoef je neits te doen. Zo nee, zou ik ze eerder op commons uploaden dan op deze wiki.

Annabel_(overleg) 3 nov 2006 23:17 (CET)

---

Als je in het algemeen een aminozuur beschrijft kun je dat niet doen als H₃N^{+-R-COO- beschrijven. Verderop kan je dit wel doen als je de pH afhankelijk meeneemt. Je kan hier wel een oelichting met een plaatje bijgeven, heb deze wel gezien op de Engelse wikipedia.}

geef aan wat de essentiële aminozuren zijn.

Het onderstaande stuk is niet echt duidelijk, er moeten verwijzingen komen naar hydrolyse, N, en ik vind dat de electroforese als scheidingsmethode ook genoemd moet worden. Aminozuren in een eiwit kunnen op diverse manieren bepaald worden. Eén van deze manieren is een zure hydrolyse van het eiwit in 6 N zoutzuur bij verhoogde temperatuur, gevolgd door een scheiding op een HPLC kolom met een ninhydrine kleuring en detectie bij 440 (proline) en 570 nm. Deze methode is bekend onder de naam Moore&Stein zure hydrolyse van eiwitten.

Bij Eigenschappen staat deze regel: "In normale omstandigheden (25°C, pH=7, P=1bar) komen aminozuren in oplossing voor als zwitterionen" mij lijkt dit niet juist.

Ook deze zin klopt niet: Een dergelijke molecuul bezit dus aan beide uiteinden groepen die met elkaar kunnen reageren en onder afsplitsing van water verbindingen (een amide) vormen. Tevens staat er dat bij pH=7 de carboxylgroep zijn H heeft afgestaan aan de amniegroep. Dat kan zijn maar hoeft niet. Wat is neutrale zuurtegraad?

Ook staat er dat L-aminozuren het gepolariseerde licht buigen, dit moet zijn het polarisatievlak draaien over een bepaalde hoek.

Tenslotte het plaatje dat de codering voor de aminozuren moet verduidelijken staat naast Aandoeningen, en er moet toch een beter plaatje zijn.

Dit lijk erop dat het reactie is tussen de amine en carboxylgroep van hetzelfde molecuul.

Bedankt voor je waardevolle opmerkingen. Ik wil je graag uitnodigen om het artikel te verbeteren. De Engelse plaatjes kan je het beste naar commons copiëren. Ik gebruik daarbij de volgende tekst: Picture from English Wikipedia. Dan de tekst die bij het plaatje hoort door de pagina van het plaatje te openen met de knop Edit. Verder copiëer ik de geschiedenis mee: Uploaded .... by user ....Lukt het niet dan wil ik er wel een als voorbeeld doen. Succes.Rasbak 4 nov 2006 09:07 (CET)

Tabel

Bij de tabel van de twintig aminozuren komt de kolom niet overeen met die van de tabel uit deze pagina. Waar semi-essentieel staat, staat bij de andere tabel dat het enkel voor kinderen is en waar en omgekeerd. Is hier een bepaalde reden voor of is het gewoon een fout?

Groeten JBBron 27 nov 2008 23:18 (CET)

...hoewel niet alle twintig ook echt aminozuren zijn.

Welke zijn dan geen 'echte'? Proline bvb? – De voorgaande bijdrage werd geplaatst door Georgesgoossens (overleg · bijdragen)

Indelingen en nomenclatuur daarvan (polair/apolair, hydrofoob/hydrofiel)

De indeling van aminozuren in vaste categorieën is een beetje een hachelijke zaak, omdat er nogal wat grensgevallen zijn. Het belang van de indeling apolair/polair lijkt me vooral te liggen in de vraag of het residu hydrofiel of hydrofoob is, m.a.w. of het in een eiwitketen aan de buitenkant (water) zit of juist aan de binnenkant (samen met andere hydrofobe delen) - en uiteraard bepaalt het ook de oplosbaarheid van een eiwit als geheel. Glycine is kennelijk een grensgeval. In de bronnen die ik heb kunnen opsnorren, noemt men glycine ofwel apolair (waarmee dan bedoeld wordt dat de zijketen apolair is, want het molecuul als geheel is uiteraard polair) ofwel men beschrijft het als grensgeval (andere grensgevallen zijn dan bijvoorbeeld alanine en tryptofaan: formeel zijn de zijketens apolair, maar ze zijn niet erg hydrofoob, net als bij glycine). Waar je de grens legt, is op een gegeven moment ook een beetje willekeurig. Cysteïne wordt hier 'polair' genoemd, naar ik aanneem vanwege de enigszins polaire SH-groep, maar ik kan zo een bron vinden die Cys als ongeveer net zo polair classificeert als fenylalanine. Cys kan kennelijk ook eenvoudig covalente S-S-bindingen vormen met andere Cys, waarna de resulterende combinatie (cystine) tamelijk slecht wateroplosbaar wordt. Dus ja, hoe gaan we dat de lezer allemaal uitleggen op een manier die niet te onoverzichtelijk wordt? Ik heb niet echt een duidelijk idee, maar ik heb wel de indruk dat niet iedereen er hetzelfde over denkt. Paul B (overleg) 3 mrt 2014 20:04 (CET)

De bron die ik gebruikte en die in het artikel als bron is aangegeven, legt de gemaakte keuzes ook uit, maar besluit glycine dan toch maar polair te noemen. Tja, wat nu het beste is ... als iemand anders vindt dat er een betere bron is, dan mag hij/zij dat wat mij betreft gerust aanpassen, maar ik zou alleszins graag hebben dat de info met de bron overeenkomt. Vandaar dat ik glycine dus als polair in de tabel heb geplaatst, enige tijd terug. Maar zo kunnen we eeuwig weg en weer veranderen als iemand met een andere bron komt aandraven. We zouden de bewuste kolom kunnen schrappen en de info uitschrijven, aangezien die info zich niet laat beschrijven in één kort woord in een tabel. Soms is het leven niet te vatten in een tabel, hoe mooi dat ook wel moge staan op een webpagina ... M.v.g., --MichielDMN 🐘 (overleg) 3 mrt 2014 20:28 (CET)

Je kan ook beide noemen, met bronvermelding. Of melden dat het een grensgeval is, met korte uitleg in een voetnoot. –bdijkstra (overleg) 7 mei 2018 20:04 (CEST)

Synthese van aminozuren

Een paragraaf over de aanmaak van aminozuren in autotrofe organismen ontbreekt nog in dit artikel. Eventueel een korte paragraaf hier, plus een nieuw lemma, net als bij eiwit(synthese) Piotrpavel (overleg) 7 jul 2018 14:26 (CEST)

Externe links aangepast

Hallo medebewerkers,

Ik heb zojuist 1 externe link(s) gewijzigd op Aminozuur. Neem even een moment om mijn bewerking te beoordelen. Als u nog vragen heeft of u de bot bepaalde links of pagina's wilt laten negeren, raadpleeg dan deze eenvoudige FaQ voor meer informatie. Ik heb de volgende wijzigingen aangebracht:

• Archief https://web.archive.org/web/20130429005222/http://isoelectric.ovh.org/ toegevoegd aan http://isoelectric.ovh.org/

Zie de FAQ voor problemen met de bot of met het oplossen van URLs.

Groet.—InternetArchiveBot (Fouten melden) 22 aug 2018 01:58 (CEST)