Wikipedia:Etalage/Archief/Tyrosine

Archivering Etalagenominatie Tyrosine 12 november 2018

Zie ook de review

Een onmisbare bouwsteen. Met dit artikel won Itsme in de schrijfwedstrijd van 2012 een bronzen pen. Ik heb het artikel de afgelopen maanden aangevuld, veranderd en herschreven aan de hand van nieuwe bronnen. Daarbij heb ik geprobeerd om de teksten zo toegankelijk mogelijk te maken voor niet-deskundigen — een etalage-artikel moet uiteraard enigszins relevant zijn — maar ik denk dat wikipedia ook een plek is waar wetenschapsartikelen tot in het specialistische verfijnd mogen worden. Ook heb ik geprobeerd wat evenwicht te brengen in de afbeeldingen met reactievergelijkingen en molecuulstructuren. Dank aan Josq en Abenoa voor hun kritisch nazicht in de review. Mochten er nog verbeteringen mogelijk zijn, dan hoor ik dat graag. TheBartgry (overleg) 12 okt 2018 15:36 (CEST)

Voor opname Tyrosine

1. heinnlein'' 17 okt 2018 21:47 (CEST) - Het is taaie kost, maar dat is te verwachten bij zo'n specialistisch onderwerp. Ik vind het een heel interessant artikel met goed gekozen illustraties.
2. Mathijsloo (overleg) 19 okt 2018 14:01 (CEST)
3. Natuur12 (overleg) 21 okt 2018 20:23 (CEST)
4. Oké! DimiTalen 23 okt 2018 19:28 (CEST)
5. — Mileau (overleg) 24 okt 2018 17:40 (CEST)
6. ✔ Rots61 Overleg 7 nov 2018 10:22 (CET)
7. JurriaanH (overleg) 7 nov 2018 11:48 (CET)
8. AnarchistiCookie Overleg 7 nov 2018 15:36 (CET)
9. Sylhouet _contact 7 nov 2018 21:22 (CET)
10. Josq (overleg) 8 nov 2018 14:37 (CET) Blij dat mijn kritische review zo positief is opgepakt
11.  Klaas `Z4␟` V:  11 nov 2018 10:46 (CET)

Tegen opname Tyrosine

1. ...

Commentaar Tyrosine

1. Ik denk dat het weinig zinvol is als ik het artikel inhoudelijk ga doornemen, maar op het eerste oog zie ik dat de vermelding van noten niet geheel consistent is – in de simpele zin dat hier en daar spaties worden gebruikt tussen verschillende <ref></ref>'s. Zie bijvoorbeeld het kopje Ziekte van Parkinson. Als daar geen specifieke reden voor is, zou ik ervoor kiezen om alle noten direct naast elkaar te plaatsen en er geen witruimte tussen te laten. De bronvermelding ziet er overigens op een paar kleinigheidjes netjes uit. Is er geen alternatief voor het vijfmaal gebruikmaken van {{Bronvermelding anderstalige Wikipedia}}? Het staat een beetje suf op deze manier. De opmerking "gratis volledige artikel" en varianten daarop ben ik eigenlijk nog nooit eerder tegengekomen op Wikipedia. Hoewel ik waardering heb voor de extra service die je hiermee in feite biedt, twijfel ik een beetje of dat gratis wel zo'n goede toevoeging is. Je zou dat bijvoorbeeld kunnen vervangen door "open access", "vrije toegang" of je zou het simpelweg kunnen weglaten. Dat staat m.i. wat beter. JurriaanH (overleg) 17 okt 2018 22:05 (CEST)

   Dank voor de oplettendheid. Ik heb je suggesties in het artikel meegenomen. Vrije toegang is inderdaad een wat nuchtere uitdrukking. Ik hoop dat de bronverwijzingen naar de anderstalige wikipedia's zo voldoende zijn. Ik weet niet exact hoe interwiki-links werken, dus de link naar de specifieke bewerkingsgeschiedenis kon ik niet opnemen. TheBartgry (overleg) 18 okt 2018 11:58 (CEST)

2. In de inleiding lees ik graag nog kort waarin de stof zoal voorkomt. DimiTalen 19 okt 2018 13:05 (CEST)
3. Bij 'Voorkomen' zou ik beginnen met een inleidende paragraaf die duidelijk maakt in welke categorieën van producten tyrosine voorkomt. DimiTalen 19 okt 2018 13:05 (CEST)

   Wat bedoel je precies met categorieën van producten? Bedoel je dat ik het best met de tweede alinea kan beginnen? Let wel op: tyrosine is niet een soort ingrediënt. Het is een klein organisch molecuul dat de bouwsteen vormt van eiwitten. Het komt in ontelbare aantallen voor in alle levensvormen, in ieder plantaardig en dierlijk weefsel. Daarom komt tyrosine automatisch vaker voor in eiwitrijke producten, en bijvoorbeeld minder in cassave, zoete aardappel en fruit, die vooral uit zetmeel en vezels bestaan. TheBartgry (overleg) 19 okt 2018 14:27 (CEST)

   Wat je me nu vertelt, zou daar bijvoorbeeld al goed staan :-). Gewoon even kaderen, voor de absolute leek, waar tyrosine zoal in voorkomt. Als een soort inleiding op de rest van het stukje. Vóór je, in de volgende paragrafen, in detail treedt. DimiTalen 20 okt 2018 20:36 (CEST)

   Is dit al wat beter? Het valt nog niet mee om het echt in simpele (en enigszins nuchtere) woorden uit te leggen. Pas niet lekker lopende zinnen trouwens gerust aan. TheBartgry (overleg) 21 okt 2018 12:14 (CEST)

   Bedankt, dat is beter! DimiTalen 21 okt 2018 15:18 (CEST)

4. In de infobox staat onder ´Fysische eigenschappen´ Smeltpunt (ontleedt) 342–344 °C wat betekent dat L-Tyrosine ontleedt bij 342 graden. Ik vindt een vervoegde werkwoordsvorm tussen haakjes niet fraai en ben bang dat veel lezers het niet begrijpen. Suggesties: Smeltpunt (i.c. ontleedpunt) 342–344 °C, Smeltpunt (ontledend) 342–344 °C of Smeltpunt (ontleding) 342–344 °C. Met vriendelijke groet. Sylhouet _contact 6 nov 2018 21:24 (CET)

   Ik vind het prima om ontleedt te veranderen naar ontleding. Ik zet een link erbij. Dan kan het niet meer misgaan. TheBartgry (overleg) 6 nov 2018 21:51 (CET)

   Mooi! Enkele andere punten:
   * Wat is een verminderde stemming? (onder 'Voorkomen') Is het vakjargon of betekent het stemmingsstoornis?
   * Onder 'Transport over de bloed-hersenbarrière' gebruik je het woord competitie in de betekenis van concurrentie, mogelijk onder invloed van Engelstalige vaklitteratuur.
   * De zin Naarmate de concentratie tyrosine in plasma groter is ten opzichte van die van de andere grote neutrale aminozuren, zal er meer tyrosine de hersenen binnenkomen lijkt me overbodig. Sylhouet _contact 7 nov 2018 11:53 (CET)

   Verminderde stemming is een vertaling van 'lowered mood'. Ik kan het vervangen door neigingen tot apathie. Dat komt op hetzelfde neer. Competitie duikt veel op in de biochemie (competitieve remming), maar concurrentie lijkt me hier even duidelijk, dus die kan vervangen worden. De zin over aminozuurtransport laat ik liever even staan, omdat transportsystemen niet per definitie stoffen doorlaten die in hoge concentratie aanwezig zijn. Bovendien gaat het hier over tyrosine ten opzichte van de grote, ongeladen aminozuren. Hoe de andere aminozuren de bloed-hersenbarrière passeren, zou ik niet weten. TheBartgry (overleg) 7 nov 2018 12:57 (CET)

   Ik heb het anglicistische competitie vervangen door concurrentie. Een laatste punt: onder 'Veiligheid' staat Patiënten met een reeds bestaand melanoom. Vanwaar de toevoeging reeds bestaand? Voor een nog niet bestaand melanoom geldt de contra-indicatie nmm niet. Of is de term medisch jargon? Sylhouet _contact 7 nov 2018 16:23 (CET)

   Reeds bestaand kan inderdaad weg. TheBartgry (overleg) 7 nov 2018 16:47 (CET)

Archivering Review Tyrosine 12 november 2018

Dit artikel is een aantal jaren geleden door Itsme geschreven voor de schrijfwedstrijd. Ik heb me de afgelopen weken over de opmaak, afbeeldingen, rode links en afwerking gebogen (zoals wel te zien is in de bewerkgeschiedenis). Ik vroeg me af of er inhoudelijk nog inconsistenties zijn, of dat er zaken onduidelijk zijn verwoord. Het lijkt mij mooi om weer eens een natuurwetenschappelijk onderwerp voor de etalage te nomineren. Ik hoop dat het incidentele wetenschappelijk vocabulaire de begrijpelijkheid niet in de weg staat, want dat blijft altijd moeilijk te ontwijken. TheBartgry (overleg) 13 sep 2018 17:51 (CEST)

Ziet er netjes uit, maar waar zijn de oude bronvermeldingen gebleven? heinnlein'' 13 sep 2018 19:08 (CEST)

Goed gezien! Die zijn onbedoeld verdwenen tijdens de ordening. Ik heb ze weer toegevoegd. TheBartgry (overleg) 13 sep 2018 19:44 (CEST)

Een mooi en uitgebreid artikel over een onderwerp dat zich nu eenmaal niet zo eenvoudig laat omschrijven. Een paar suggesties die bij mij opkwamen toen ik het artikel las:

1. De inleiding vermeldt: Tyrosine wordt als voedingssupplement verkocht en wordt gereguleerd via de Warenwet. De Warenwet is nationale wetgeving die enkel van toepassing is voor Nederland. Het is daarom misschien beter dit in de tekst te verduidelijken ofwel weg te laten. Eventueel kan ook verwezen worden naar de algemene Europese richtlijn 2002/46/EG die in elke lidstaat in nationale wetgeving is omgezet.
2. Onder titel 3.5 Afwijkingen bij tyrosinestofwisseling mis ik nog voorbijgaande tyrosinemie (voornamelijk bij premature babies door een nog niet volledig werkzaam para-hydroxyfenylpyruvaatdioxygenase) en Hawkinsinurie (zeer zeldzame autosomaal dominant overervende aandoening)
3. Onder titel 5.5 ivm het gebruik van tyrosine bij Fenylketonurie staat nu ook een figuur met bijhorende verduidelijking ivm albinisme, cretinisme en alkaptonurie. Ik vond het verwarrend om deze onder Gebruik te zien staan aangezien dit nu precies 3 aandoeningen zijn waarbij tyrosine niet gebruikt wordt. De link met cretinisme zou beter passen onder titel 4.2 Functie: precursor van schildklierhormonen. Albinisme wordt reeds correct vermeldt onder 4.4 precursor van melanine en alkaptonurie staat al correct onder 3.5 Afwijkingen bij tyrosinestofwisseling

Abeona (overleg) 14 sep 2018 19:15 (CEST)

Veel dank voor de oplettendheid! Ik heb suggestie 1 en 2 toegevoegd. Voel je vrij om ze aan te passen. Ik ben het met je eens dat de fenuylketonurie-figuur enigszins buiten de toon ‘gebruik’ valt, ik weet alleen niet goed waar hij beter kan staan. Het zou jammer zijn om hem weg te halen want hij maakt wel goed inzichtelijk hoe de tyrosine-stofwisselingsziekten samenhangen. TheBartgry (overleg) 15 sep 2018 17:34 (CEST)

Na een verzoek maak ik graag een beginnetje met een poging om dit artikel te reviewen. Heel veel gaat goed, mooi werk! Ik begin maar met de inleiding

• Algemeen: de inleiding kan toe met iets minder details en daardoor ook met minder chemische namen. Dat verhoogt de leesbaarheid, zeker voor leken.
• Eerste zin: hydrofiel. Maar op diverse plekken elders in het artikel blijkt dat het slecht in water oplosbaar is?
• Infobox: zesmaal referentie 1 kan teruggebracht worden tot één.
• Tyrosine is ook een elektrisch neutraal aminozuur. - eigenlijk alleen bij een specifieke pH en dan nog valt er allerlei voorbehoud te maken. Ik zou deze zin weglaten.
• wordt in Nederland gereguleerd via de Warenwet. - heb je ook wat relevants voor ons Vlaamse publiek?

Dan de paragraaf Biochemie en synthese:

• Fysisch-chemische en moleculair-biologische eigenschappen staan een beetje door elkaar
• Afbeeldingsbijschrift: ...als zwitterion in neutrale pH zou ik weglaten omdat het een tikje afleidt van de boodschap, nl het verschil in chiraliteit.
• Ik dacht dat een waterstofatoom niet wordt opgevat als een functionele groep?
• een variabele groep, die in het geval van tyrosine een fenolgroep is - eigenlijk een -CH2-fenolketen toch?
• Afbeelding absorptie: welke pH's? Bron?
• De absorptie van licht energie-efficiëntie is gerelateerd aan de molaire extinctiecoëfficiënt. De meest gebruikelijke extinctie is met een golflengte van tussen de 260 en 300 nm. Slordig in diverse opzichten. Even herschrijven, ik zou dat doen aan de hand van het begrip "absorptiepiek" (ook in de daaropvolgende zin).
• Prefenaat wordt oxidatief gedecarboxyleerd met retentie van de hydroxylgroep om p-hydroxyfenylpyruvaat te vormen, wat vervolgens wordt getransamineerd met behulp van glutamaat als stikstofbron om uiteindelijk tyrosine en α-ketoglutaraat te vormen. - wel heel compact, daarom moeilijk leesbaar.
• "ook wel parahydroxy-fenylalanine genoemd" - is dat een juist gebruikt van cursief? Moet het niet para-hydroxyfenylanaline zijn?

Succes! Josq (overleg) 5 okt 2018 00:52 (CEST)

Een alarmpje...: het plaatje met de absorptiespectra bevat helemaal geen vergelijk tussen "water" en "base", maar een absorptie- en een fluorescentiespectrum. Zie https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Tyrosine_abs_flu.png en de bron: https://omlc.org/spectra/PhotochemCAD/html/092.html. Josq (overleg) 5 okt 2018 12:23 (CEST)

Bedankt, Josq! Ik heb al je suggesties in het artikel verwerkt. Zaken die enigszins kort door de bocht waren uitgelegd heb ik herschreven aan de hand van nieuwe bronnen, zoals de kwestie hydrofiel/hydrofoob/oplosbaarheid van tyrosine. Ik ben nu nog bezig met het herstel van de afbeelding over absorptie. TheBartgry (overleg) 7 okt 2018 11:07 (CEST)

Ik wou nog een vervolg maken. Bij veel (maar zeker niet alle) zaken heb ik een snelle check gedaan in de literatuur, het meeste lijkt heel goed te kloppen; iets meer bronvermelding zou soms wenselijk zijn. Enkele specifieke punten, de meeste betrekkelijk klein:

Nog even over die hydrofiliciteit: er lijkt nu een tegenspraak te zijn tussen voetnoot c en bron 10/11 (dank voor de verwijzing daarnaar)

Paragraaf "Industriële synthese":

• Ik zou spreken van productie ipv synthese
• Een bron zou welkom zijn zodat je de details van het productieproces kunt nakijken. De paragraaf zou aangevuld kunnen worden met een aantal van die details (welke scheidingsmethoden worden gebruikt?)

"Transport over de bloed-hersenbarrière":

• combinatie van tyrosine met het essentiële vetzuur alfa-linoleenzuur - deze "combinatie" betreft een chemische verbinding. Ik weet niet of deze publicatie voldoende relevantie heeft
• Ook L-dopa (dihydroxyfenylalanine) kan de bloed-hersenbarrière passeren, maar de catecholaminen kunnen dat niet. Een natuurlijke bron van L-dopa zijn diverse peulvruchten, waaronder de tuinboon en de fluweelboon. - relevant in dit artikel?

"Afbraak":

• een enzym dat de decarboxylering en latere verplaatsing katalyseert van de zijketen moeilijk leesbare zinsopbouw; opmerkelijk mechanisme. Dit ene enzym voert dus twee reacties uit?

"Precursor van catecholamines":

• chromaffine moet chromaffiene zijn? Volgens deze bron is het een verouderde naam.
• Waarschijnlijk binden deze middelen aan de bindingsplaats voor tyrosine op dit enzym, zonder een biologische respons op te roepen - wat bedoel je hier met "biologische respons"?

"Signaaloverdracht":

• de "stamboom" van proteinekinases - tyrosinekinases - RTK's (en non-RTK's) komt niet goed uit de verf

"Overige eigenschappen en functies"

• Een tyrosine residu speelt eveneens een belangrijke rol in de fotosynthese. In chloroplasten (fotosysteem II) (...). Misschien even herschrijven in de trant van Fotosysteem II bevat een tyrosineresidu dat een belangrijke rol speelt in de fotosynthese.
• Zogenoemde enkefalines bevatten tyrosine in hun structuurformule. Enkefaline is een korte polypeptideketen misschien ook even herschrijven: Enkefalinen zijn korte peptideketens die een tyrosineresidu bevatten.

Josq (overleg) 12 okt 2018 21:29 (CEST)

Dank voor het vervolg! Het zit zo met de hydrofiliciteit: tyrosine heeft een amfifiel karakter, het heeft een hydrofobe ring en een OH-groep. Je kan zeggen dat de elektrostatische krachten van beide delen van het molecuul elkaar nivelleren: tyrosine lost matig op in water. (Hetzelfde geldt voor tryptofaan, die ook een ring heeft én een NH-groep). Echter, wanneer het aankomt op de indeling van aminozuren in groepen, dan wordt tyrosine in veel gevallen als hydrofiel geclassificeerd. Waarschijnlijk zegt deze keuze minder over oplosbaarheid, en meer over de fysiochemische rol die het heeft in eiwitten. Alle aminozuren die in staat zijn een waterstofbrug te vormen, doen dit in vrijwel alle gevallen ook, en stabiliseren daarmee de eiwitstructuur. TheBartgry (overleg) 12 okt 2018 23:13 (CEST)

Ik ben weer alle suggesties langsgegaan. Aantal zaken herschreven en nieuwe (gratis) bronnen gevonden en toegevoegd. TheBartgry (overleg) 14 okt 2018 11:37 (CEST)

Nog een belangrijk punt: Bij depressie en andere stemmingsstoornissen die gepaard gaan met premenstrueel syndroom (PMS) wordt tyrosine soms ook ingezet, mede vanwege de observatie dat de hoeveelheid vrij tyrosine significant daalt in de premenstruele periode. Uit de bijbehorende bron maak ik op dat het niet gaat om tyrosine maar om tryptofaan. Josq (overleg) 5 nov 2018 19:58 (CET)

Aanvulling: de studies die aangehaald worden onder het kopje "Depressie" zijn kleinschalig en hebben wisselende resultaten. Reviews kan ik niet zo gauw vinden. Ik vraag me daarom af of deze informatie wel relevant is. Hetzelfde geldt dan ook voor de paragrafen over ontwenning en narcolepsie. Josq (overleg) 5 nov 2018 20:20 (CET)

Josq, het artikel is op 12 oktober aangemeld als etalagekandidaat. -B kimmel (overleg) 6 nov 2018 10:15 (CET)

Weet ik. Ik ben benieuwd naar de reactie op mijn laatstgenoemde puntjes, die voor mij nog een bron van twijfel zijn. Josq (overleg) 6 nov 2018 14:08 (CET)

Dank! De PMS bron sluit inderdaad niet voldoende aan bij de bewering. Ik zal die zin weg laten. De catecholaminehypothese en daarmee samenhangende onderzoeken zijn wel relevant om te noemen, mits er in de tekst en de noten wordt gesproken over de schaal en wisselende resultaten. De hypothese is namelijk onderwerp geweest van veel onderzoek. Hetzelfde geldt voor ontwenningsverschijnselen. Ik twijfelde al langer over de relevantie van narcolepsie, maar ik vond een klein onderzoek niet per definitie irrelevant: het is goed om te weten waar tyrosinesuppletie allemaal voor gebruikt is. TheBartgry (overleg) 6 nov 2018 17:43 (CET)