Gnonto speelde in de jeugd van Baveno en Suno, voor hij werd opgenomen in de jeugdopleiding van Internazionale. Bij deze club verliep zijn verbintenis in de zomer van 2020, waarop hij overgenomen werd door FC Zürich. In Zwitserland tekende hij voor drie seizoenen.[1] Op 24 oktober van dat jaar maakte hij zijn professionele debuut, tijdens een uitwedstrijd bij FC Vaduz. Deze werd met 1–4 gewonnen. Lasse Sobiech, Tosin Aiyegun, Assan Ceesay en Blaž Kramer scoorden voor Zürich en de tegengoal was van Joël Schmied. Gnonto mocht van coach Massimo Rizzo invallen voor Aiyegun.[2] Zijn eerste doelpunt volgde op 21 mei 2021, tijdens de tweede competitiewedstrijd tegen FC Vaduz, ditmaal in het eigen Letzigrund. De bezoekers kwamen op voorsprong door Matteo Di Giusto, maar door doelpunten van Antonio Marchesano, Stephan Seiler, Benjamin Kololli en Gnonto won Zürich met 4–1.[3] In het seizoen 2021/22 werd Gnonto met Zürich landskampioen.
In de daarop volgende zomer verkaste de aanvaller voor een bedrag van circa vierenhalf miljoen euro naar Leeds United, waar hij zijn handtekening zette onder een verbintenis voor de duur van vijf seizoenen.[4] Met Leeds degradeerde hij in zijn eerste seizoen naar het Championship. Het contract van Gnonto werd in augustus 2024 opengebroken en met een jaar verlengd.[5]